Après le retour de Heian Maru au Japon en août 1941, NYK fut informé qu’en raison de la tension croissante entre le Japon et les États-Unis, le paquebot serait converti à l’usage militaire. Le 3 octobre, le navire fut officiellement réquisitionné par la marine impériale japonaise et désigné comme navire auxiliaire du district naval de Yokosuka. Deux semaines plus tard, la conversion a été entamée chez Mitsubishi Heavy Industries à Kobe. Parmi les nombreuses autres modifications, quatre canons navals de 15 cm / 50 ans, deux canons de 13 mm AA, 41st Year Type naval guns, deux projecteurs et un télémètre ont été installés.
Le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale dans le Pacifique, le 7 décembre 1941 (8 décembre au Japon), a révélé que Heian Maru était toujours en train d'être réinstallé, mais à la fin du mois, elle se rendait à Kwajalein . Au début de février 1942, alors qu’il était à Kwajalein, l’équipage de Heian Maru fit sa première expérience de combat lors de raids lancés par le porte-avions américain USS Enterprise (CV-6).
En 1942 et dans les premiers mois de 1943, le Heian Maru fait la navette entre les bases japonaises de Truk (plus tard connu sous le nom d’Atoll de Chuuk), Rabaul aux Îles Salomon et Yokosuka et Kure au Japon. Elle avait pour tâche de fournir des torpilles, des provisions, des pièces de rechange et des membres d’équipage de remplacement à la douzaine de sous-marins de la 6e flotte de l’IJN. À Rabaul, en janvier 1943, Heian Maru a été victime de deux attaques aériennes majeures au cours desquelles elle a évité de justesse les coups de bombes.