La FD-3S (nom de code châssis) est une sportive de référence pour grand nombre d'amateurs d'automobile. Son bi-rotor, dénommé 13B-REW, est la même base que celui de la FC3S, à la différence qu'il existe en version biturbo séquentiels. C'est cette version qui fut importée en France. Cette voiture est encore aujourd'hui un modèle très prisé chez les préparateurs automobiles, le plus connu étant certainement Re-Amemiya. On retrouve encore ce modèle en compétition de drift et de Super GT (anciennement appelé JGTC). Le Japon compte six générations de FD3S, mais seules les trois premières furent importées en Europe. Bien que de génération plus ancienne que d'autre sportives utilisées en compétition, la FD3S, grâce à un excellent châssis, un centre de gravité bas, et de nombreuses possibilités de réglages, demeure une voiture extrêmement rapide sur circuit. Malgré la réputation de fragilité un peu surfaite de son moteur, la voiture rencontre notamment de bons résultats en championnat d'endurance au Japon.
La production de la FD3S est classifiée au Japon en 6 séries : la 1 est sortie en 12/1991, la 2 en 08/1993, la 3 en 03/1995, la 4 en 01/1996, la 5 en 12/1998, et la 6 en 10/2000 (fin de production en 08/2002). Le numéro de la série constitue le premier des 6 chiffres du NIV (numéro de châssis) japonais, par exemple dans le NIV FD3S-123456 le 1 serait le numéro de série. Ont aussi été produites un total de 9 éditions limitées (type RZ en 10/1992 - 300 voitures, RZ en 10/1993 - 150, R-II Bathurst en 09/1994 - 350, R Bathurst X en 07/1995 - 777, RB Bathust X en 01/1997 - 700, RS-R en 10/1997 - 500, RZ en 10/2000 - 325, R Bathurst R en 08/2001 - 650, Spirit R en 04/2002 - 1504) et 2 éditions spéciales (Bathurst R en 02/1995, R Bathurst en 12/2001). Les feux arrière ronds sont apparus sur la série 4 ; l'airbag passager et les feux avant élargis sur la 5 ; la série 5 connait aussi des modifications mécaniques de suspension et de motorisation qui portent la puissance à 280ch sur certains modèles. Un toit ouvrant a existé en option sur la série 1 en boite manuelle, était standard sur certains modèles en boite automatique jusqu'en série 4, a disparu ensuite.